Исследователи разрабатывают новые инструменты для борьбы с раком, продвигают исследования в области геномики.

Ученые из школы медицины Университета Вирджинии разработали новые важные ресурсы, которые помогут в борьбе с раком и продвинут передовые исследования в области геномики.

Чунчжи Занг из UVA, доктор философии, и его коллеги и студенты разработали новый вычислительный метод для картирования схем складывания наших хромосом в трех измерениях на основе экспериментальных данных . Это важно, потому что конфигурация генетического материала внутри наших хромосом фактически влияет на работу наших генов. При раке эта конфигурация может пойти не так, поэтому ученые хотят понять архитектуру генома как здоровых, так и раковых клеток. Это поможет им разработать более эффективные способы лечения и профилактики рака в дополнение к развитию многих других областей медицинских исследований.

Используя свои новые подходы, Занг, его коллеги и ученики уже обнаружили кладезь полезных данных, и они делают свои методы и открытия доступными для своих коллег-ученых. Чтобы продвигать исследования рака, они даже создали интерактивный веб-сайт, который объединяет их результаты с огромным количеством данных из других ресурсов. Они говорят, что их новый веб-сайт bartcancer.org может предоставить исследователям рака “уникальную информацию”.

«Структура складывания генома очень динамична; она часто меняется и отличается от клетки к клетке. Наш новый метод направлен на то, чтобы связать эту динамическую схему с контролем активности генов», – сказал Занг, биолог-вычислительный центр UVA. Онкологический центр геномики и UVA. «Лучшее понимание этой связи может помочь раскрыть генетическую причину рака и других заболеваний и может направить будущую разработку лекарств для точной медицины».

Ставка на BART

Новый подход Занга к картированию складок нашего генома называется BART3D. По сути, он сравнивает доступные данные трехмерной конфигурации об одной области хромосомы со многими ее соседями. Затем он может экстраполировать результаты этого сравнения, чтобы заполнить пробелы в схемах генетического материала, используя «Анализ связывания для регуляции транскрипции», или BART, новый алгоритм, который они недавно разработали. Результатом является карта, которая предлагает беспрецедентное понимание того, как наши гены взаимодействуют с «регуляторами транскрипции», которые контролируют их активность. Идентификация этих регуляторов помогает ученым понять, что включает и отключает определенные гены – информацию, которую они могут использовать в борьбе с раком и другими заболеваниями.

Исследователи создали веб-сервер BARTweb, чтобы предложить инструмент BART своим коллегам-ученым. Он доступен бесплатно на bartweb.org . Как сообщают исследователи, тестовые прогоны показали, что сервер превосходит несколько существующих инструментов для идентификации регуляторов транскрипции, которые контролируют определенные наборы генов.

Команда UVA также создала базу данных BART Cancer, чтобы продвигать исследования 15 различных типов рака, включая рак груди, легких, колоректального рака и простаты. Ученые могут выполнить поиск в интерактивной базе данных, чтобы увидеть, какие регуляторы более активны, а какие менее активны в каждом раке.

«В то время как исследователь рака может просматривать нашу базу данных, чтобы проверить потенциальные мишени для лекарств, любой ученый-биомедик может использовать наш веб-сервер для анализа своих собственных генетических данных», – сказал Занг. «Мы надеемся, что инструменты и ресурсы, которые мы разрабатываем, могут принести пользу всему биомедицинскому исследовательскому сообществу, ускорив научные открытия и будущие терапевтические разработки».

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *